Nesprávné vzduchování materiálu

V jednom nebo ve druhém kroku oxidace amoniaku přes dusitany na dusičnany jsou zapojeny různé druhy bakterií.
Instalací dodatečného vzduchování do filtru je možné zajistit přívod kyslíku pro nitrifikační bakterie. Není neobvyklé, že majitelé koi jsou schopni kontinuálně měřit mírně zvýšené koncentrace dusitanů navzdory dobrému vzduchování filtrační komory a skutečně dostatečně velkému množství biologického filtračního materiálu.
Chyba zde často spočívá v tom, že filtr je prokysličování na nesprávném místě. Pokud dojde k vzduchování v mechanickém filtru, mohou výsledné turbulence vést k výraznému snížení velikosti nečistot. Malé částečky nečistot pak mohou, pokud jsou dostatečně malé, bez překážek projít přes mechanické filtrační médium a dostat se do biofiltru. Tam jsou tyto organické nečistoty pak použity heterotrofních bakteriemi jako zdroj potravy.
Heterotrofní bakterie se živí částicemi a rostou rychleji než autotrofní nitrifikační bakterie. Pokud dojde v biofiltry k nadměrnému množství nečistot, mohou přerůst nebo vytisknout autotrofní bakterie (nitrifikační látky) potřebné k odbourávání dusíku. Filtr by proto měl být vzduchování v biokomore, kde je potřebný kyslík.
Obvykle při použití bubnového filtru lze vzduchování použít hned za bubnovým sítem díky čemuž přechází okysličená voda přes kompletní biologický filtr.
V tomto případě platí "kyslíku není nikdy dost" a proto můžete použít i silnější vzduchové kompresory